La qualification est une procédure qui permet d'attester qu'une exploitation satisfait aux exigences contenues dans le référentiel national de l'agriculture raisonnée (voir par ailleurs les recommandations du plan de contrôle agriculture raisonnée).
Elle est reconnue par la loi française avec la parution de décrets et arrêtés publiés au journal officiel.

La décision de demander la qualification appartient à l'agriculteur.
Elle est attribuée pour une durée de cinq ans sur décision de l'organisme certificateur après un audit sur place de l'exploitation. Pendant cette période de cinq ans, un contrôle inopiné sera réalisé sur les exploitations qualifiées.
Ce dispositif propose à tous les agriculteurs d'adhérer, sur une base volontaire, à une démarche de qualification portant sur une approche globale de leur exploitation.

Une subvention de l'Etat peut être accordée pour inciter les exploitations à s'engager dans le dispositif de l'agriculture raisonnée. Elle permet de prendre en charge une partie des surcoûts liés à l'obtention de cette qaulification.
Cette aide couvre l'ensemble du territoire national. Elle est versée aux exploitations qualifiées au titre de l'agriculture raisonnée, à la date de dépôt de la demande. La qualification est attestée par un organisme certificateur reconnu.

La subvention est versée par le CNSEA et pour la Corse, l'ODARC. Le montant forfaitaire de l'aide est fixé à 1.000 euros par exploitation.

L'aide à l'agriculture raisonnée s'inscrit dans un règlement d'aide communautaire particulier : celui de minimis. Ce règlement fixe un cadre d'intervention très souple pour les Etats membres souhaitant mettre en place une aide nationale. Cependant, la commission européenne a fixé un plafond maximal par exploitation qui est fixé à 3.000 euros d'aides relevant de minimis, perçues dans les trois années qui précède l'octroi de l'aide concernée.